L'isola di Santo Stefano, con i suoi 3 chilometri quadrati, è la quarta dell'Arcipelago della Maddalena per estensione. E' leggermente collinosa: la punta più alta è il Monte Zucchero che tocca i 101 metri sul livello del mare.
Dopo la dismissione della base della Marina Militare americana una parte dell'isola è in attesa di un progetto di valorizzazione. Il resto di Santo Stefano, frequentata solo dai turisti ospiti delle strutture ricettive, fa pensare per la sua integrità a come dovesse essere l’arcipelago maddalenino prima della sua "scoperta turistica".
Nell'isola di Santo Stefano si trovano numerose erosioni a tafoni nelle quali l'uomo ha trovato riparo sin dall’epoca neolitica e, tra le tante, la cava di granito di Villamarina, in uso fino alla seconda guerra mondiale. Al suo interno si trovano ancora blocchi di pietra semilavorati, tra cui un colossale busto di Costanzo Ciano, padre di Galeazzo, gerarca fascista, vero monumento alla transitorietà e caducità del potere.
Tra le poche costruzioni dell'isola di Santo Stefano va ricordato il Forte San Giorgio (1773), conosciuto anche come Forte di Napoleone, perché da questo edificio il generale corso, bersagliò il centro abitato di La Maddalena nell'attacco all'arcipelago il 23 febbraio 1793.
L'isola è raggiungibile solo con imbarcazioni private, disponibili per il noleggio in numerosi porti dell'Arcipelago o della Costa Smeralda.