La grotta di San Giovanni deve il proprio nome alla presenza di una cavità usata nel periodo antico come cappella rupestre dedicata al Santo. Interamente illuminata, si trova nei pressi di Domusnovas e si è formata in seguito al cedimento di un'enorme massa calcarea; essa deve la sua singolarità alla presenza, all'interno della sua tortuosa e sinuosa galleria, di una strada interamente carrozzabile che si sviluppa per tutta la sua lunghezza, rendendola unica in Italia e rarissima anche nel mondo: risulta, infatti, accertata l'esistenza di altri tre soli casi. Di interesse storico sono i resti di alcune mura ciclopiche, testimonianza di una probabile antica fortezza, accanto ai due ingressi, a nord e a sud. Nel periodo invernale, l'entrata nord della grotta ingloba un torrente superficiale che si snoda parallelamente alla strada e arriva vicino all'ingresso sud, rendendola talvolta inagibile. Verso lo sbocco a nord, l'elemento più interessante della grotta, che non presenta molte concrezioni, è costituito dalle imponenti vasche stalagmitiche. La strada asfaltata che la percorre conduce alla valle di Oridda, ricca di lecci e querce e attraversata dal rio Sa Duchessa, in un paesaggio di elevato interesse naturalistico e culturale, soprattutto grazie alla presenza dei resti dei complessi minerari di Barraxiutta, Sa Duchessa, Tiny e Arenas, oltre che di grande bellezza.
Per raggiungere la grotta è necessario seguire le indicazioni da Domusnovas, da cui dista circa 3 km.